En fonction de sa situation et de son parcours au sein du CEFA, l'élève pourra se voir délivrer différentes attestations (d'orientation, de compétence, de réinsertion, de fréquentation,...) ou certificats (CQ, CESS).
Un certificat de qualification spécifique est délivré à l'élève régulier qui a suivi et réussi les cours d'une formation « Article 45 ».
Les attestations et certificats délivrés au terme des formations « Article 49 » sont identiques à ceux de l'enseignement secondaire de plein exercice, avec la mention qu'ils ont été délivrés dans l'enseignement secondaire en alternance.
La réussite d'une année d'études d'une formation « Article 49 » est sanctionnée de manière analogue à celle de l'enseignement secondaire de plein exercice.